El Cor de l'Empordà està constituït com a associació sense ànim de lucre. Els cantaires integrants del cor -reunits en assemblea- són qui escullen la junta, la qual és l'encarregada de governar l'activitat del cor i l'orquestra, junts prenen les decisions estratègiques de cada projecte. També és des d'on es vehicula l'àmbit econòmic. Cada cantaire fa una donació mensual a l'associació.
La direcció artística va a càrrec del baríton gironí Xavier Mendoza, encarregat de proposar candidats per a dirigir els diferents projectes. Cada projecte té un director musical diferent. Aquest és triat pels integrants del cor dins un barem de tres candidats que després d'una prova sobre una obra ja coneguda pels cantaires, s'escull per votació secreta.
Els integrants del cor són persones que provenen de diversos àmbits del món coral empordanès i gironí. Col·laboren amb un treball tècnic i rigorós per a fer possible un producte d'alt nivell artístic. Els assajos són els dissabtes al matí cada quinze dies a la seu del cor al poble de Verges.
La preparació tècnica del cor és a càrrec de dos professors de cant coordinats per un director de cor. Finalment, el director musical del projecte és qui supervisa el treball dels tres anteriors i qui es fa càrrec de la direcció integral (cor, orquestra i solistes) dels concerts.